Πολλοί, ιδίως από την πλευρά του Ολυμπιακού, αμφισβητούν την ημερομηνία ίδρυσης του Παναθηναϊκού. Είναι η 3η Φεβρουαρίου 1908, όταν έλαβε σάρκα και οστά ο Ποδοσφαιρικός Σύλλογος Αθηνών (ΠΟΑ) ή η 15η Μαρτίου 1924, όταν έπειτα από διαδοχικές μεταμορφώσεις μετονομάστηκε σε Παναθηναϊκός Αθλητικός Όμιλος (ΠΑΟ);

Η ιστορία του τριφυλλιού ξεκινά στις αρχές του 1908, όταν ο φοιτητής Γιώργος Καλαφάτης, γεννημένος το 1890 στα Εξάρχεια, αποφασίζει να εγκαταλείψει τον Πανελλήνιο Γυμναστικό Σύλλογο (ΠΓΣ) και να ιδρύσει ένα σωματείο αφιερωμένο στο ποδόσφαιρο. Ο Καλαφάτης μπορεί να ήταν αθλητής στίβου, αλλά ζούσε και ανέπνεε για το νέο άθλημα με τη στρογγυλή μπάλα, που συνάρπαζε και πολλούς συνομηλίκους του στις αρχές του 20ου αιώνα.

Οι ιθύνοντες του Πανελληνίου ούτε που ήθελαν να ακούσουν για το ευτελές άθλημα του ποδοσφαίρου. Έτσι, ο Καλαφάτης και η παρέα του, που διψούσαν να κλωτσήσουν μπάλα, άφησαν τον σύλλογο των Ολυμπιονικών και στις 3 Φεβρουαρίου 1908 ίδρυσαν τον Ποδοσφαιρικό Όμιλο Αθηνών (ΠΟΑ). Μεταξύ των ιδρυτικών του μελών, που διακρίθηκαν και ως ποδοσφαιριστές, ήταν οι Αλέξανδρος Καλαφάτης, Δημήτρης Δουκάκης, Περικλής Μπούμπουλης, Ε. Χρύσης, Γρανίτσας, Μαντζάκος, Παπαγεωργίου, Γαέτας, Δεμερτζής, Σταυρόπουλος, Πάσχος, Μισακιάν, Ρέππας, Σαπούνιας και Γαρουφαλιάς.

Το πρώτο του επίσημο ματς ο ΠΟΑ το έδωσε στα Τρίκαλα στις 9 Σεπτεμβρίου 1908 με αντίπαλο τον Πειραϊκό Σύνδεσμο, τον οποίο κέρδισε με το επιβλητικό 9-0. Παίκτης - προπονητής του ΠΟΑ, που εμφανίσθηκε στο γήπεδο με κόκκινη φανέλα και λευκό παντελονάκι, ήταν ο ιδρυτής του Γιώργος Καλαφάτης, που σημείωσε και τρία γκολ. Τα υπόλοιπα τέρματα πέτυχαν οι Σταυρόπουλος (3), Μισακιάν, Πάσχος και Γρανίτσας. Από τότε χρονολογούνται οι κόντρες Αθηναίων και Πειραιωτών στο ποδόσφαιρο, που σήμερα εκφράζονται από τα ντέρμπι Παναθηναϊκού και Ολυμπιακού. Το γήπεδο της ομάδας ήταν στην οδό Πατησίων, εκεί που σήμερα βρίσκεται το Οικονομικό Πανεπιστήμιο Αθηνών (πρώην ΑΣΟΕΕ). Ένας από τους πιο διάσημους αθλητές που φόρεσαν την ερυθρόλευκη φανέλα του ΠΟΑ ήταν ο ολυμπιονίκης Κώστας Τσικλητήρας.

Γιώργος Καλαφάτης
Ο ΠΟΑ δεν μακροημέρευσε. Πρόλαβε, πάντως, να κατακτήσει την τρίτη θέση στο πρώτο πρωτάθλημα Κέντρου, που διοργάνωσε ο ΣΕΓΑΣ, στον οποίο τότε υπαγόταν το άθλημα του ποδοσφαίρου (Πρωταθλητής αναδείχθηκε ο Πειραϊκός και δεύτερη η ομάδα του Γουδή). Το 1910 ο Καλαφάτης με τους περισσότερους παίχτες αποχώρησαν, λόγω των αγεφύρωτων διαφορών τους με τον χρηματοδότη της ομάδας Μαρίνο Μαρινάκη και ίδρυσαν τον Πανελλήνιο Ποδοσφαιρικό Όμιλο (ΠΠΟ). Μαζί τους συντάχθηκε και η μεγάλη μάζα των οπαδών του ΠΟΑ. Η νέα έδρα του ΠΠΟ βρισκόταν στην Πλατεία Αγάμων (σημερινή Πλατεία Αμερικής). Το 1911 θα έλθει ο πρώτος τίτλος για τη νεοσύστατη ομάδα, με την κατάκτηση του πρωταθλήματος ΣΕΓΑΣ. Ο ΠΠΟ κέρδισε κατά σειρά το Γουδί με 12-0 και τον Πειραϊκό Σύνδεσμο με 11-1. Οι 11 του πρώτου τίτλου: Δεμερτζής, Ρέππας, Μισακιάν, Σαπούνας, Παπαγεωργίου, Πάσχος, Γαρουφαλιάς, Καλαφάτης, Μαντζάκος, Δουκάκης και Ρόκκος.

Το 1912 ο ΠΠΟ προσέλαβε τον πρώτο ξένο προπονητή που ήρθε ποτέ στην Ελλάδα. Ήταν ο άγγλος Τζον Κάμπελ από το Πανεπιστήμιο της Οξφόρδης, που έμαθε στους παίχτες του ΠΟΑ τα βασικά του αθλήματος. Έμεινε δύο χρόνια στην Αθήνα, αλλά άφησε ανολοκλήρωτο το έργο του, επειδή κάθε αθλητική κίνηση διακόπηκε έως το 1918, εξαιτίας των Βαλκανικών Πολέμων και του Α' Παγκοσμίου Πολέμου. Η πλειονότητα των αθλητών στρατεύτηκε και κάποιοι από αυτούς έχασαν τη ζωή τους στα μέτωπα, όπως ο Κώστας Τσικλητήρας.

Με το τέλους του πολέμου το 1918 η αθλητική δραστηριότητα ξανάρχισε και ο Πανελλήνιος Ποδοσφαιρικός Όμιλος (ΠΠΟ) μετονομάστηκε σε Πανελλήνιο Ποδοσφαιρικό και Αθλητικό Όμιλο (ΠΠΑΟ) για να συμπεριλάβει και άλλα αθλήματα εκτός του ποδοσφαίρου. Αλλαγές είχαμε και στο χρώμα της ομάδας, που από κόκκινο έγινε πράσινο, με πρωτοβουλία του Κωνσταντινουπολίτη Μιχάλη Παπάζογλου (εκ των ιδρυτών της ΑΕΚ αργότερα). Δική του ιδέα ήταν και το τριφύλλι, που του θύμιζε την ομάδα του, τη Χαλκηδόνα. Το νέο έμβλημα της ομάδας σχεδίασε ο Γιώργος Χατζόπουλος, διευθυντής της Εθνικής Πινακοθήκης και μέλος του συλλόγου.

Το 1922 η ΕΠΣΕ διοργάνωσε το πρώτο πρωτάθλημα Αθηνών - Πειραιώς, που διάρκεσε από τον Ιανουάριο έως τον Απρίλιο. Ο ΠΠΑΟ τερμάτισε πρώτος, αήττητος και χωρίς να δεχθεί γκολ. Τα αποτελέσματα: ΠΠΑΟ - Πειραϊκός Σύνδεσμος 0-0, ΠΠΑΟ - Αθηναϊκός Γκύζη (μετέπειτα Βύρωνα) 7-0, ΠΠΑΟ - Σχολή Ευελπίδων 3-0, ΠΠΑΟ - Κυπριακός 5-0 και ΠΑΟ - Πειραϊκή Ένωση 3-0. Οι 11 που κατέκτησαν το πρωτάθλημα ήταν: Καλογερόπουλος, Κρίσπης, Απόστολος Νικολαΐδης (μετέπειτα πρόεδρος του Παναθηναϊκού), Χρυσοχοίδης, Βλαχόπουλος, Καντώνης, Ζάκκας, Σούτσος, Ασπρογέρακας, Λουκάς Πανουργιάς (μετέπειτα πρόεδρος του Παναθηναϊκού και της ΕΠΟ) και Σταθόπουλος.

Στην γενική συνέλευση της 15ης Μαρτίου 1924 η ομάδα έλαβε το οριστικό της όνομα: Παναθηναϊκός Αθλητικός Όμιλος (ΠΑΟ). Τα μέλη του συλλόγου ζήτησαν ένα βραχύτερο όνομα, που να μην περιέχει τη λέξη «Πανελλήνιος». Ήθελαν να απογαλακτιστούν από το μητρικό σωματείο (ΠΓΣ) και να αποφύγουν τη σύγχυση που δημιουργούσε στην αλληλογραφία η ύπαρξη δύο Πανελληνίων (ΠΓΣ και ΠΠΑΟ).

Την ίδια χρονιά, ο Παναθηναϊκός, έπειτα από δίχρονη περιπέτεια, απέκτησε νέα ποδοσφαιρική έδρα στην περιοχή της Περιβόλας Αμπελοκήπων, εκεί που σήμερα βρίσκεται το γήπεδο «Απόστολος Νικολαΐδης». Η διαμόρφωση του οικοπέδου που του παραχώρησε ο Δήμος Αθηναίων το 1922 έγινε και με την προσωπική εργασία των μελών και των ποδοσφαιριστών της ομάδας. Έτσι, στην αρχή της Λεωφόρου Αλεξάνδρας βρίσκεται η έδρα του Πανελληνίου, από τα σπλάχνα του οποίου προήλθε ο Παναθηναϊκός, που εδρεύει στο τέλος του μεγάλου δρόμου.